اساسا این دو بخش در محیط آبی با یکدیگر برهم کنش داشته و در چرخه بیولوژیک آن آکواپونیک رخ می­دهد.به طوری که آب حاوی مواد زائد دفعی ماهیان و موجودات زنده به عنوان کود و مواد مغذی مورد نیاز برای رشد گیاهان فراهم می شود و گیاهان به تبع آن در یک رابطه همزیستی مسالمت آمیز ، آب مخزن پرورش ماهی را تصفیه و در یک سیستم مدار بسته با بازچرخانی آب مجددا ۹۹ درصد آب را به سیستم آکواپونیک باز میگردانند که این پدیده زیستی میتواند محصولات گیاهی و جانوری منحصر به فرد و تمام ارگانیک و سالم را در مدل کشاورزی پایدار تولید نماید.